La trama de Prison School se desarrolla en el instituto femenino Hachimitsu, el cual tiene fama de ser uno de los más estrictos y prestigiosos de Tokio. El director de dicho instituto decide cambiar el régimen de la escuela admitiendo también a estudiantes masculinos. Kiyoshi Fujino es uno de estos nuevos estudiantes, y para su sorpresa descubre que él y sus cuatro amigos —Takehito Morokuzu, Shingo Wakamoto, Jōji Nezu y Reiji Andou— son los únicos estudiantes varones entre 1.000 mujeres, y cuya convivencia con ellas es aún más difícil debido a las leyes y reglamentos draconianos por los que se rige la escuela, las cuales fueron establecidas por el denominado Consejo Estudiantil Clandestino, y castiga incluso las infracciones más leves con una estancia en una especie de prisión que posee la escuela.

¡El Krampus que Arruinó la Hexmas! ¿Quién ha sido travieso y quién ha sido amable? ¡Este año, Krampus ha considerado que Tarot y Raven Hex son muy traviesos! ¡Los Yule Devils hacen una visita sorpresa a Witch Manor y esta vez traen un She-Krampus para el Hombre Esqueleto! Merry Hex-mas a todos!